Khi chế độ độc đảng tại Nam Tư chấm dứt vào năm 1990, đảng Dân chủ Serbia tại Bosna và Hercegovina được thành lập, Karadžić được bầu làm chủ tịch.
Vào ngày 25. Januar 1992 quốc hội Bosnia quyết định là sẽ trưng cầu dân ý về sự độc lập của nước Bosnia. Điều này được Karadžić cho là đã khiêu chiến với người Serbia.Vào ngày 29 tháng 2 và 1 tháng 3 năm 1992 một cuộc trưng cầu dân ý về sự độc lập của Bosnia và Herzegovina tách ra khỏi Nam Tư được tổ chức. Số người đi bầu là 64% và 98% trong số đó đã bỏ phiếu thuận. Vào ngày 6 tháng 4 năm 1992, Bosnia được Liên hiệp quốc công nhận là một nước độc lập. Karadžić sau đó tuyên bố hình thành chính phủ độc lập Cộng hòa Srpska ở Bosnia và được bầu làm tổng thống vào ngày 13 tháng năm 1992 tại Pale.